I så tilfælde skal der søges om en godkendelse fra Fredningsnævnet.

I henhold til Naturbeskyttelsesloven skal Fredningsnævnet indhente en udtalelse om de ansøgte ændringer fra Danmarks Naturfredningsforening, før nævnet behandler sagen. Normalt tager Fredningsnævnet et meget stort hensyn til foreningens synspunkter, der således kan være afgørende for, om nævnet giver en tilladelse samt om på hvilke betingelser, tilladelsen gives. 

I forhold til andre større byer i Danmark er det helt specielt, at næsten alle parker og naturområder i Københavns Kommune er fredet. Her er der normalt kun 0 - 2 grønne områder, der er beskyttet mod byggeri m.m. ved en fredningsdeklaration. 

De mange fredninger i Københavns Kommune kan vi takke Danmarks Naturfredningsforening for, da foreningen i 1958 rejste fredningssagen for et stort antal grønne områder i Københavns Kommune overfor Fredningsnævnet for København. Fredningsnævnet meddelte derefter i februar 1959 Københavns Magistrat, at man nedlagde fredningspåstand vedrørende en lang række nærmere angivne kommunale parkarealer m.v.. I de følgende år udvidede Fredningsnævnet i samarbejde med kommunen endvidere fredningssagen med endnu flere arealer.

Københavns Borgerrepræsentation tiltrådte herefter den 13. juni 1963 en aftale med Fredningsnævnet om efter forhandling med nævnet at foretage tinglysning af fredningsdeklarationer for de omhandlede parkarealer efter den dagældende naturfredningslovs bestemmelser om ”frivillig fredning”. Borgerrepræsentationen godkendte samtidig, at de tre første deklarationer for Ørstedsparken, Fælledparken og Emdrup Sø og Søpark blev tinglyst. Desuden vedtog man, at også de øvrige deklarationer ved de kommende forhandlinger med Fredningsnævnet skulle tilpasses individuelt til de enkelte parker og fredningsmæssige områder.

I de følgende år blev en lang række parker fredet. Herunder også statsparken, Rosenborg Have og omgivelserne omkring Rosenborg Slot. De sidste 10 parker, som det var besluttet at frede i tresserne, blev endelig i 2009 samlet i en fredningsdeklaration. 

Derefter blev der i 2010 og 2012 truffet endelig beslutning af Natur- og Miljøklagenævnet om fredningsdeklarationernes indhold for Vigerslevparken, Damhussøen, Damhusengen, Krogebjergparken, Grøndalsparken samt for Kanalerne i det indre København, da der var blevet klaget til nævnet over punkter i deklarationerne, der var blevet udformet af Fredningsnævnet, af henholdsvis kommunen, Danmarks Naturfredningsforening og lokale folk.

I de senere år har Danmarks Naturfredningsforening endvidere rejst fredningssag på Kløvermarken, da Københavns Kommune ønskede at opføre lejligheder på dele af Kløvermarken. Dels på grund af rejsningen af fredningssagen og dels på grund af stor folkelig modstand blev det heldigvis ikke til noget. Sagen endte derimod med, at Kløvermarken i 2011 blev fredet som rekreativt område, hvor der kun kan tillades aktiviteter og anlæg til idrætsformål.

Danmarks Naturfredningsforening rejste endelig fredningssag for Assistens Kirkegård, da foreningen dels frygtede, at Metrostationen ved Nørrebros Runddel skulle brede sig ud over en større del af kirkegården, og dels af at større dele af kirkegården i dag ikke længere bruges til begravelser men mere er overgået til en form for park, hvorved disse områder ikke er underlagt kirkegårdslovningen. Naturfredningsforeningen fandt derfor, at kirkegården burde fredes, så området er sikret mod at dele af kirkegården udtages til andre formål end anvendelsen i dag. Assistens Kirkegård blev derfor ved Natur- og Miljøklagenævnets afgørelse endelig fredet i 2016.